El Directorio de Fundación ACLO es la instancia máxima de toma de decisiones y está constituido por seis personas externas, tres de las cuales representan, por su vinculación, a los tres departamentos en los que trabaja ACLO.
Después de cada reunión de Directorio, el Director General convoca al Comité de Gestión General, para socializar las recomendaciones del Directorio y ponerse de acuerdo en su aplicación. Forman parte de este Comité, los Directores Departamentales, el Administrador General y los responsables de planificación, además de la Coordinación General.
Los Directores Departamentales tienen pleno poder de representatividad en los departamentos donde han sido nombrados. Cuentan con un Consejo Regional que está formado por los responsables de municipios, el encargado de medios de comunicación y el administrador de la regional.
Los responsables municipales cuentan con el apoyo de un equipo multidisciplinario de profesionales, que son los que llevan adelante los planes de desarrollo del municipio que está a su cargo.

